Пептиды, проникающие в клетку, представляют собой небольшие пептиды, которые могут легко проникать через клеточную мембрану.Этот класс молекул, особенно CPP с функциями таргетинга, обещает эффективную доставку лекарств к клеткам-мишеням.
Поэтому исследование его имеет определенное биомедицинское значение.В этом исследовании CPP с различной трансмембранной активностью изучали на уровне последовательностей, пытаясь выяснить факторы, влияющие на трансмембранную активность CPP, различия последовательностей между CPP с различной активностью и NonCPP, а также внедрить метод анализа биологических последовательностей.
Последовательности CPP и NonCPPs были получены из базы данных CPPsite и различных литературных источников, а трансмембранные пептиды (HCPP, MCPP, LCPP) с высокой, средней и низкой трансмембранной активностью были извлечены из последовательностей CPP для построения наборов данных.На основе этих данных были проведены следующие исследования:
1. Аминокислотный состав и состав вторичной структуры различных активных CPP и NonCPP были проанализированы с помощью ANOVA.Установлено, что электростатические и гидрофобные взаимодействия аминокислот играют важную роль в трансмембранной активности CPP, а спиральная структура и случайное скручивание также влияют на трансмембранную активность CPP.
2. Физико-химические свойства и длины ЦПП различной активности отображались в двумерной плоскости.Было обнаружено, что CPP и NonCPP с различной активностью можно сгруппировать по некоторым особым свойствам, а HCPP, MCPP, LCPP и NonCPP были разделены на три кластера, показывая их различия;
3. В этой статье вводится понятие физического и химического центроида биологической последовательности, остатки, составляющие последовательность, рассматриваются как точки частиц, а последовательность абстрагируется как система частиц для исследования.Этот метод был применен для анализа CPP путем проецирования CPP с различной активностью на трехмерную плоскость методом PCA, и было обнаружено, что большинство CPP кластеризуются вместе, а некоторые LCPP кластеризуются вместе с NonCPP.
Это исследование имеет значение для разработки CPP и понимания различий в последовательностях CPP с разными видами деятельности.Кроме того, представленный в статье метод анализа физических и химических центроидов биологических последовательностей может быть использован и для анализа других биологических задач.В то же время их можно использовать в качестве входных параметров для некоторых задач биологической классификации и играть роль в распознавании образов.
Время публикации: 15 июня 2023 г.